Kleinhüningen wurde ungefähr Mitte des 5. Jahrhunderts gegründet. Der Name Hüningen entstand aus dem Wortstamm Hunnen / Huno. Attila der Hunnenkönig lagerte in jener Zeit mehrmals in der Gegend der Wiesemündung und gilt der Legende nach als Gründer von Kleinhüningen. So ziert Attila auch noch heute das Wappen von Kleinhüningen.
Das Dorf wurde 1640 vom Markgraf von Baden für 3500 Reichtaler an Basel verkauft und stiess so zur Eidgenossenschaft. 1833 bei der Trennung von Basel in Stadt und Land verblieb Kleinhüningen als dritte Landgemeinde beim Kanton Basel Stadt.
Kleinhüningen verlor die Selbständigkeit am 1. Januar 1908, als nach einer Volksabstimmung die Eingemeindung in die Stadt Basel vollzogen wurde. Das ehemalige Fischerdorf wandelte sich in der Folge rasch zur Hafenstadt und zum Industriequartier.
ein Fischerdorf? Für viele Leute heute kaum vorstellbar und doch war die Fischerei für Kleinhüningen seit Kleinhüningen Menschengedenken äusserst wichtig. Bis in die Dreissiger Jahre des 20. Jahrhunderts war der Rhein ein ausgesprochen fischreiches Gewässer. Am bekanntesten war der Lachsfang, der vom Oktober bis Neujahr mit Netz und Lachsfalle sehr erfolgreich betrieben wurde. Die Fische wogen um die Jahrhundertwende im Durchschnitt 20 Pfund und waren rund einen Meter lang. Der schwerste je geländete Lachs wog 54 Pfund. Aber auch andere Fische wie Barben, Alet, Karpfen, Aal, Schleien und Brachsmen wurden regelmässig in grossen Mengen gefangen. Am bekanntesten war jedoch der Nasenstrich. Regelmässig im Mai während drei bis vier Tagen war an der Wiesemündung vor lauter Fischen das Wasser fast nicht mehr zu sehen. Ununterbrochen waren die Fischer im Einsatz und holten in diesen drei Tagen bis zu 30'000 Nasen aus dem Wasser.
1640 kaufte der Kanton Basel Kleinhüningen dem Markgraf von Baden ab. Hauptgründe waren einerseits einen Puffer zwischen das Kleinbasel und Baden zu legen und andererseits sich die reichen Fischgründe an der Wiesemündung zu sichern. Die Fischereirechte waren in der Folge ein Zankapfel zwischen den Fischern der Stadt Basel und denen von Kleinhüningen. Die Einwohner des kleinen Dorfes lebten vorwiegend von der Fischerei und bereits 1690 war die Mehrzahl der Berufstätigen Fischer. Die Fischereirechte für die Kleinhüninger gingen zeitweise rheinaufwärts bis nach Grenzach, andererseits wollten die Basler Fischer auch in Kleinhüningen fischen. Dies gefiel den streitlustigen und in ihrer Existenz bedrohten Kleinhüningern gar nicht. So kam es immer wieder zu kleinen Scharmützeln an der Wiesemündung. Als aber 1736 französische Fischer aus Hüningen und Neudorf versuchten in die Lachsgründe der Kleinhüninger einzudringen wurden sie gemeinsam von Baslern und den Einheimischen mit blutigen Köpfen über den Rhein zurückgetrieben. Dies löste eine kleinere Staatskrise zwischen Bern und Paris aus und der Fall konnte erst nach langwierigen Verhandlungen auf höchster diplomatischer Ebene gelöst werden.
Die Familie Bürgin ist die traditionsreichste und bekannteste Fischerfamilie. Um eine Familie durchbringen zu können mussten pro Woche 100 kg Fisch gefangen und verkauft werden. Abnehmer waren diverse Restaurants allen voran das Gasthaus Krone in Kleinhüningen, ein beliebtes Ausflugsziel der Städter, die sich hier mit Fisch voll stopften und ihn mit badischem Wein runterspülten. Daneben wurden die, heute nicht mehr existierenden, Comestiblesgeschäfte Christen und Renaud und bis 1950 auch das Warenhaus Globus beliefert.
Die Bürgins haben heute als einzige noch das Recht im Hafengebiet und an der Wiesemündung zu fischen. Die Nachkommen der legendären Berufsfischer tun dies noch mit den zwei vor uns liegenden Fischergalgen. Allerdings mit mässigem Erfolg. Die verschiedenen Stauwehre im Rhein verunmöglichen nach wie vor das Heraufschwimmen von Lachsen und anderen Fischen trotz grossen Bemühungen seitens der EU durch den Bau von Fischtreppen und Fischliften. Es dürfte noch einiges Wasser den Rhein hinunterfliessen bis hier an der Wiesemündung wieder ein Lachs gefangen wird.
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