Kleinhüningen wurde ungefähr Mitte des 5. Jahrhunderts gegründet. Der Name Hüningen entstand aus dem Wortstamm Hunnen / Huno. Attila der Hunnenkönig lagerte in jener Zeit mehrmals in der Gegend der Wiesemündung und gilt der Legende nach als Gründer von Kleinhüningen. So ziert Attila auch noch heute das Wappen von Kleinhüningen.
Das Dorf wurde 1640 vom Markgraf von Baden für 3500 Reichtaler an Basel verkauft und stiess so zur Eidgenossenschaft. 1833 bei der Trennung von Basel in Stadt und Land verblieb Kleinhüningen als dritte Landgemeinde beim Kanton Basel Stadt.
Kleinhüningen verlor die Selbständigkeit am 1. Januar 1908, als nach einer Volksabstimmung die Eingemeindung in die Stadt Basel vollzogen wurde. Das ehemalige Fischerdorf wandelte sich in der Folge rasch zur Hafenstadt und zum Industriequartier.
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